以此为契机，剑拔弩张的罗马正教与学园都市终于开始了正式的战争。在战争的伊始，罗马正教就用出了杀招——亚得里亚海女王。
这艘罗马正教所属的“女王舰队”中的旗舰，同时也是同名大魔法“亚得里亚海女王”的灵装，魔法「亚得里亚海女王」以两阶段发动，第一阶段将都市全体化为灰烬；第二阶段将於此都市发展的人、物品、文化连根破坏。
虽然因为制造时的问题，导致这个魔法无法对威尼斯以外的地点发动，但经过Vent的一系列改动与调整，这个唯一的问题也不复存在。
而对于学园都市的人来说，战争爆发这一事实被深深埋进了黑暗中，以学生为主体的学园都市根本不可能承受大规模的战争准备，这也导致学园都市只能被动的挨打，甚至连大规模的反击都很难出现。
这次也是一样，对于来势汹汹的亚得里亚海女王，学园都市派出了一位level5——一方通行去破坏亚得里亚海女王，而上条当麻也在亚雷斯塔的算计下跟着掺和了进来。
被空投到意大利的上条和一方通行见到了在那里等候已久的神裂和史提尔，在他们两人的帮助下，一方通行和上条当麻顺利的进入了亚得里亚海女王的内部，但神裂和史提尔则因为与罗马正教的魔法师纠缠太久而错过了上船时机。
上船之后，一方通行说了句分头行动就一个人走掉了，只留下上条一个人；无奈，上条只好偷偷摸摸的进行搜索，大约两小时后，上条摸到了一个巨大的房间里，找到了术式的施法者彼亚吉欧·普索尼的踪迹，并且得知了术式的施展必须要以一名修女的性命作为代价这一事实。
上条从背后冲出来与普索尼打了起来，一番激战之后，上条终于击倒了普索尼。就在上条准备用幻想杀手破坏普索尼的灵装时，一声巨大的怒吼从地板下传了出来，上条感觉脊背发麻，顺势朝旁边一滚。
随后，在上条刚刚站立的地方，一方通行直接破冰而出！在一方通行的前面还有一个一身黄衣，身上叮当作响的女性，那名女性被一方通行硬生生从下面顶上来后，吐出了一大口鲜血，整个人勉强倚墙站着。
上条定睛一看，发现一方通行的状态十分异常——站姿诡异，双目无神，在背后翻滚扭曲着的黑色羽翼更是让周遭的空间扭曲了起来，从黑翼散发出来的难以言喻的疯狂更是让上条起了一身鸡皮疙瘩。
背生黑翼的一方通行没有理会上条，直直地朝着那名女性走了过去，伸出手掐住了她的脖子，想要直接她扭断颈骨。上条连忙出手阻止——不论怎样，上条都不能容忍在自己面前出现死亡。
在与一方通行动手的时候，上条用右手摸到了一方通行背后的黑翼。黑翼消散后一方通行随即昏了过去，而那名女性也因为一方通行的攻击倒在地上，失去了行动能力。
“有侵入者！”
战斗时发出的声响被舰上的修女发现，上条的行踪也随之暴露了。
“不幸啊！”上条扛起一方通行就开始跑路。
之后，一方通行一直没有从昏迷的状态中恢复过来，带着一方通行的上条当麻很快就被舰队的人给捉住了。
接下来的事情很简单，因为一方通行与上条当麻的行动失败，学园都市被了亚得里亚海女王的攻击击中，整个被毁灭。很快，与学园都市相关的一切，形成学园都市的一切都完全的消失在了这个世界上。
没有了学园都市，其代表的科学文化也彻底的消失在了世界上，人类又回到了那个被宗教所支配的，毫无人性光芒可言的时代。上条自身虽然没有受到影响，但他人对上条的看法却发生了天翻地覆的变化。
因此，上条在术式成功的那一刻就被绑到了火刑架上，笃信神明的群众对于上条足以消除神迹的能力无法接收，在被宗教所控制的世界中，迎接上条的只有死亡这一条道路。
鲜艳的火焰将上条整个人包裹了起来，除了热度之外，上条已经什么都感觉不到了，扬起的脑袋也慢慢的低垂了下来。
“如果那个时候……”
全剧终
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正文卡了，但又不能不更新......
这章纯属YY请不要喷我(ˇ?ˇ)～
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