但自从印尼共和国建立以来，亚齐地区与中央的关系长期处于不稳定状态。
50年代初期，亚齐参加了伊斯兰教国运动，是当时地方叛乱活动较为严重的地区之一。
进入苏哈托统治时期，亚齐地区的分离运动时断时续，并在以后进一步扩大化，成为影响印尼国内政治稳定和东南亚地区安全的重要问题之一，日益引起国际社会的关注。
苏卡诺总统从上台后，以军人力量为基础，实行中央集权统治，对外岛各地区的政治和经济采取严密的控制，实行一种倾斜性的经济政策，注重对中部和西部部分地区的发展，造成亚齐、廖内、伊里安查亚等外岛地区经济发展缓慢，长期停滞不前。
在这种背景下，哈桑－迪罗从美国返回亚齐，发表独立宣言，成立自由亚齐运动组织，宣布为捍卫亚齐的独立和自由而奋斗。
1956年，由于行动计划被泄露，自由亚齐运动被迫转入丛林，开始武装斗争。
这次分离运动只有不到200人直接参与，主要的活动形式是散发传单，并有零星的暴力活动，以致于当地人民把他们等同于有武装的土匪。
尽管如此，印尼政府还是迅速采取军事行动，开始镇压了自由亚齐运动，而哈桑－迪罗则流亡到瑞典。
虽然自由亚齐运动暂时被镇压下去，但是促使亚齐分离运动出现的社会、政治和经济条件并没有消失，随着印尼的经济建设，地区发展的差距不断扩大，亚齐与中央的矛盾日益尖锐。
经历了第一次失败后，自由亚齐运动的一些成员留在亚齐的丛林中活动，另一部分成员则在利比亚等国接受军事训练。
1957年的前半期，自由亚齐运动重新兴起，遍及大亚齐、中亚齐、北亚齐、东亚齐和比地亚，在后三个县城中尤其活跃。
据印尼军方称，自由亚齐运动的游击队成员的数目很难确定，似乎遍及亚齐的每个角落。
通过分析可以看到，自由亚齐运动主要以军事斗争为主，其组织力量相对薄弱，直接参加武装斗争的人数较少，斗争规模较小。
虽然一些成员在国外接受了军事训练，武装力量有所增强，并占据了亚齐地区的一些边远村庄。但总体上看，自由亚齐运动与印尼政府的军事力量对比悬殊。
其次，自由亚齐运动在亚齐社会产生了一定的影响，但总的来看，社会支持不足。
哈桑－迪罗试图得到国外援助，忽视当地的社会力量。
据说，哈桑－迪罗在回到印尼之初，会见了包括50年代亚齐地方叛乱首领达乌德－贝鲁在内的一些当地的乌里玛，试图获得他们的支持。
但是由于他把希望更多得寄托于西方国家的援助，担心明确表示建立伊斯兰教政权会引起西方的偏见，所以没有接受达乌德－贝鲁建立伊斯兰教政权的建议，致使后者拒绝动员广大群众参加自由亚齐运动。
随后，自由亚齐运动规模和影响日益发展，得到了社会各阶层不同程度的支持，如知识分子、失业工人和贫苦的农民。
这是一方面是由于其明确主张建立一个伊斯兰教政权，符合亚齐当地乌里玛的愿望，对民众有更大号召力。
另一方面，由于当地的经济、文化等方面落后，使亚齐社会对中央十分不满，为了本地区的发展，分离思想已经开始出现在当地官僚、公众领袖和民众中，因此自由亚齐运动的主张有一定的号召力。
尽管如此，这一时期独立主张并不符合亚齐社会各阶层的意愿，当地群众并没有统一的独立意愿，而是处于模棱两可的状态，他们既同情自由亚齐运动，但又不认为独立是解决问题的最终途径。
他们对中央政府抱有希望，试图通过斗争获得地方自主权。所以，在这个阶段，自由亚齐运动的力量得到了一定的发展，但其独立主张并没有被多数亚齐人认同，在当地的影响也是有限的。
而苏哈托政权对亚齐采取的政策始终是以政治和经济上的严密控制、军事上的镇压为主。
具体表现为：
一、对亚齐采取严密的控制措施。虽然苏加诺政府给予亚齐特别行政区地位，规定亚齐在政治、经济、文化宗教等事务上拥有相对自主的管理权，但到苏哈托政府时期这些规定却形同虚设。
苏哈托总统上台后，强调稳定与发展，在政治上，稳定表现为通过建立完全的军人统治，依靠武装部队控制国家，实行总统——执政的专业集团——军人三位一体式的统治体制。
在地方行政机构中，任命大批军官担任从省长、县长直到乡长的各级行政首长，剥夺地方的自主权。
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