双方最后举行谈判，结果亚齐在60年代初实现和平。
不过，亚齐被并入印尼版图之后，仍然与印尼存在着矛盾，主要有两方面：一是分享自然资源税收的问题，二是实行回教法的问题。
在这种情况下，亚齐逐渐酝酿分离的倾向。
1955年，自由亚齐运动正式成立，亚齐开始再度爆发战事。
如果亚齐人愿意接受删除独立选项的全民表决，则亚齐可能在既有的宗教、教育事务之外，再取得治安、财政和部份司法权等自治权，结果或许可能促使印尼逐步走向联邦制。
然而，印尼政治精英之间对于联邦制的歧见很大，印尼当局还必须考虑印尼军方所能容忍的范围。
如果印尼政体改变成联邦制，印尼中央政府还是无法创造安定局面，那么一旦印尼各地闹独立运动时，印尼军方就有出兵镇压的借口，到时整个印尼的大小群岛将陷入动荡的局面。
与此同时，亚齐人若接受高度自治，主张独立的武装势力在联邦制之下，也必须承认中央派驻各地维护治安的组织，自由亚齐运动也必须放下武器。
关于亚齐问题，自由亚齐运动创始人哈桑－迪罗从最初主张印尼实行联邦制，逐步转变为谋求亚齐独立并付之于武装斗争。
这种政治主张的发展变化，是整个亚齐分离运动性质演变的一个缩影，也是理解亚齐分离主义问题的重要途径。
在50年代，哈桑－迪罗认为，由于历史原因，印尼各民族在印尼的政治格局中处于不同的地位，其中爪哇族长期拥有政治和经济的优势。
而印尼共和国成立后实行的单一制，进一步加强了这一趋势，并以牺牲其他民族为代价保护爪哇人的利益。
为了解决这一问题，印尼应当实行联邦制，通过创造一种平衡——爪哇人让其他民族分享政治权力，同时后者能够让前者分享他们的经济资源——实现各民族间的平等和共同发展。
但是随着苏卡诺有领导的民主代替议会民主制，尤其是苏哈托建立新秩序统治后，国家权力日益集中于中央政府。
亚齐的特别行政区地位有名无实，经济长期停滞，社会发展缓慢。
面对这种遭遇，哈桑－迪罗意识到在印尼实行联邦制已经没有可行性，思想开始发生改变，明确主张亚齐争取独立，认为这是外岛地区的唯一选择。
概括来说，哈桑－迪罗的分离主义思想主要包括以下几个方面。
首先，强调亚齐民族的历史荣誉感和建立独立国家的合法性。
哈桑－迪罗反复指出，当荷兰在1873年向亚齐宣战时，亚齐早已是一个独立的民族，拥有自己的国家，遍及整个苏门答腊的主权已经被广泛和正式地承认属于亚齐。
这样说，意味着亚齐战争是两个国家——荷兰与亚齐王国之间的战争。基于这样的历史，二战后，整个苏门答腊应该归还亚齐政权，自动恢复独立。
另外，哈桑－迪罗在其著作中，大量描述了亚齐人民不屈不挠的抗荷斗争过程，指出亚齐民族视独立为最重要，现在的亚齐人也应该继承这种民族传统，为自己的独立而斗争。
其次，否认印度尼西亚共和国的合法性。
哈桑－迪罗认为，从历史上看，印尼不是一个自然的地理整体，尽管各岛曾经被同一个殖民宗主国统治，但是爪哇和外岛地区没有历史的联系，各部分之间缺少共同的命运感。
而且，二战后荷兰殖民者把印尼转移给爪哇统治者并没有得到其他地区和民族的同意。
根据国际法和联合国的有关章程，这种转移是非法的，成立的印尼共和国也是非法的。
不仅如此，在印尼共和国的名义下，爪哇人对其他民族实行新的殖民统治。
在政治方面，爪哇人控制着印尼的政治，少数在政府中的非爪哇人也只是一种宣传工具而已，为的是制造外岛人在行政机构中没有完全被剥夺权力的假象。
在经济方面，在所谓的发展原则的指导下，亚齐自然资源的开发只是为爪哇族的利益服务，爪哇人利用军队维持对外岛的控制，并且通过大量的爪哇新移民确保对亚齐长久的控制。
所以，如果说亚齐民族是这个国家的成员之一，并没有享受到公正的待遇。爪哇人的统治是非法的，是新的殖民者，正在摧毁亚齐的政治社会和文化传统。
第三，主张亚齐脱离爪哇人的殖民统治，建立独立的国家。
基于亚齐作为独立国家长期存在的历史以及印尼共和国的非法性，哈桑－迪罗指出，所有的亚齐人应该争取独立，确保亚齐——苏门答腊人作为一个独立国家存在。
亚齐——苏门答腊政权不仅包括亚齐民族，而且包括所有希望苏门答腊是苏门答腊人的苏门答腊、拒绝爪哇殖民主义统治的苏门答腊岛上的各个民族。
他的计划是要建立一个瑞士类型的自由联邦，使每一个民族都有自己的政权，即在地位上与亚齐平等，能够选择自己的政府形式。
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