郑基原任江苏巡抚，对南京城最熟悉不过，他主动提出可以将六部各院衙门建在城西，那里有一大片空地，不过就是距离莫愁湖不远，地势低洼，在雨季容易被洪水倒灌。
永历想一想，与民争地要失去民心，做官的本来就是为人办事的，办公的地方差点也无所谓，省得以后天天以“官老爷”自居。于是便同意郑基的建议，在城西重建各部各院衙门，还特意嘱咐地基一定要加高，省得雨天被水淹了。
接着方以智又奏了一件事，就是南京光复以来，大明还都南京，可是南京却还没有官府。“天子脚下”一定要保证太平，而且将来权贵大多会居住在这里，没有一个称职的京城府尹，恐怕难以控制首都。
那么用谁好呢？永历心中默默地想起几个人，第一个是身在南昌的江西巡抚金川，第二个是新近归降的前江苏巡抚郑基，第三个是干纹，还有王紫山、杨厚才等人，不是资历不够，就是太过年轻，难以服众。
金川还不能动，江西是明军的大后方，那里需要稳定；郑基是降臣，现在还难以完全信任；倒是干纹为人正直不阿，又善于处理政务，不如就升他为“应天府尹”，为朕治理京城。
南京在大明开国初，太祖皇帝曾经改其名为“应天府”，所以南京的地方最高长官应该叫做“应天府尹”。
打定主意以后，永历当即宣布干纹任正三品“应天府尹”，郑基任正二品“都察院左都御史”，于是二人不偏不倚都升官了。
处理完这些事情，永历想起各地是否有消息传回，这才出言相问。
这些天由方以智和郎廷佐坐镇南京，而郎廷佐虽为降官，这些日子已经不显“尴尬”之态了，与方以智合作的不错，两人将各地呈报来的政务一一汇总处理，井井有条。
听到万岁爷询问，郎廷佐不说话，而是看了一眼方以智，意思是还是你说。方以智知道郎廷佐是有意突出自己，使他显得含蓄一些，其实何必有这心思，都归降了，现在同殿为臣，为大明朝廷办事，光明磊落不好吗？
不过方以智只是想想，面没表现出来，由他将收到的消息一一讲了出来。
马云率军一万渡江攻打扬州，前两天送回战报，说是渡江以后，马云向外宣称明军兵力为五万人马，吓得满清扬州知府不敢出城迎战，而是龟缩在城中死守。
但是明军拥有五门大炮和二十门小炮，想要摧毁一段城墙太容易了，经过一天的轰击，明军炸开数个缺口，一拥而入，现已攻下扬州外城，正在强攻内城，不出三日即可攻破扬州城。
永历心说：这马云就是一个“军事天才”！一万人马就能攻下一座坚城，这可不是谁都能办到的。现在算算从传回消息，到今天已经又三天了，估计马云应该能攻破扬州城了，等他回来，朕一定重重赏赐他。
还有一条消息，是张迪派人送回来的。自从永历进入南京以来，一直没有见到张迪，从张迪的下属那里，才得知张迪在半个月前就离开南京去北方了，据说是接到漕帮付君义的消息，张迪才赶往北方的，但是具体去做什么，张迪并没有与任何人说起，所以他们也不知道。
现在张迪传回了消息，永历才知道张迪去做什么了。原来付君义半年前与永历在江宁分别后，回到济宁漕帮黑虎堂，立即宣布脱离燕行天的漕帮，在老帮主的支持下，自建新帮。而燕行天因为要应付福建粮草的事，还来不及对付付君义，所以付君义的新帮便慢慢壮大。
就在一个月前，付君义得知北方清军即将从天津卫南下平叛，他与张迪暗中前往天津卫，说服和买通了天津卫的漕帮部分人，导致北方清军没有足够的船只由运河南下。后来清军水陆并进，走到聊城的时候，付君义在张迪的建议下，亲自带人将运河聊城段的水坝扒开，放走运河水，致使这段运河水枯，船只难以行船，即使是八旗骑兵在泥泞的道路也是寸步难行。
北方清军好不容易走出了聊城，已是五天之后。在运河与微山湖交汇的地方，清军的船队被船夫带入了微山湖内，然后船夫趁夜集体消失，害得这些北方“旱鸭子”们只好自己操船，因为不熟悉水路，只能微山湖内原地打转。
北方清军统帅穆里玛只好就近抓捕船夫行船带路，就这样，清军又在微山湖内耽误了六七天，这才路，继续南行。当然这个主意还是张迪出的。
本来天津卫到扬州走运河只需十天左右的时间，北方清军却耗费了一个月，这就是为什么他们迟迟不能南下的原因。
永历听到这个消息以后，高兴的直拍桌子，有付君义和张迪拖着北方清军的后腿，自己还有时间从容布置，等清军抵达江南的时候，一举歼灭之，那么江南就只剩下洪承畴一个顽敌了。
可就在永历高兴的时候，外边传来一声：“浙江急报到――”
永历赶紧宣信使殿，等拿到加急密信，打开一看，当即吓了一跳。
信写着：洪承畴北犯苏湖二州，李嗣兴率军迎战，大败之后，生死不明！
“这到底是怎么了？”永历大声叫道。
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